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Simulan por primera vez a alta resolución cómo se despliega el ADN

Este es un proceso clave para entender la actividad de los genes y la replicación del ADN y, en un futuro, diseñar fármacos para modularlas.

La separación de las dos hebras del ADN es un proceso que ocurre en millonésimas de segundo, lo que dificulta enormemente su estudio experimental, haciendo necesaria la simulación computacional. Tras cuatro años de puesta a punto de un modelo físico efectivo y el uso masivo del supercomputador Mare Nostrum, investigadores del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona) y el Centro de Supercomputación de Barcelona (BSC) han logrado realizar la primera simulación realista de la apertura del ADN a alta resolución. Los investigadores Modesto Orozco, jefe del grupo de Modelización y bioinformática del IRB Barcelona, Catedrático de Bioquímica de la UB y director del Departamento de Ciencias de la Vida del BSC, y Alberto Pérez, investigador Juan de la Cierva en el BSC, actualmente en la Universidad de California San Francisco (Estados Unidos), publican los resultados en la revista líder mundial en química, Angewandte Chemie.

Alberto Pérez explica que “gran parte de las funciones del ADN se dan al separarse sus dos cadenas cuando, por ejemplo, se tiene que replicar durante la división celular o en procesos de reparación. Con este estudio proponemos un mecanismo para este proceso, que a su vez, guiará a nuevos experimentos para su corroboración final”.

Los investigadores han estudiado un fragmento pequeño de ADN, de 12 pares de bases (el genoma humano tiene unos 3000 millones de pares de bases), y han obtenido 10 millones de fotos estructurales que muestran la película de cómo se despliega. En este proceso han revelado dos rutas principales que llevan del estado de su estructura natural plegada a la forma desplegada. “Este proyecto”, explica Orozco, “es parte de un objetivo mayor del laboratorio: intentar comprender los cambios que sufre la estructura del ADN según los procesos biológicos que ocurren dentro de la célula, como la expresión y represión de genes o la replicación o transcripción del ADN”.

El ADN contiene la información genética de los seres vivos y su estructura de doble hélice fue descubierta hace ya más de 50 años por Watson y Crick. El ADN y las proteínas que lo modifican son las dianas terapéuticas más importantes en diversas patologías y de manera especial en cáncer. El trabajo del IRB Barcelona proporciona una visión detallada del mecanismo por el cual tiene lugar uno de los procesos más importante en el ADN y abre nuevas expectativas sobre la conexión entre propiedades físicas, funcionalidad y efecto farmacológico. El objetivo último es que la suma de nuevos avances conviertan al ADN en una diana farmacológica universal.


Artículo de referencia: Real-time Atomistic Description of DNA Unfolding. Alberto Pérez and Modesto Orozco.
Angewandte Chemie (2010). doi: 10.1002/ange.201000593
Angewandte Chemie – International Edition (2010) doi: 10.1002/anie.201000593

Fecha Original: 20 de mayo de 2010
Enlace Original

Fuente:  Ciencia Kanija

___________________

Enlaces relcioandos:

–  Se pone en marcha la Red Española de Supercomputación al servicio de la investigación

–  La aplicación informática LIMS pone orden en la ciencia forense

–  Apuntes Introduccion a la Informática (GAP).  La Información

–  La web de Maco048. Noticias: ADN


Crean las primeras Vidas Artificiales autónomas

Un campo de la ciencia poco conocido por el lector común es uno llamado Vida Artificial (no confundir con Inteligencia Artificial), en donde el objetivo es crear organismos 100% dentro del entorno de un computador, y que tales organismos ejerzan todas las funciones que fuera del computador calificaría como «vida».

Esta ciencia tiene al menos medio siglo de fundada (con antecedentes que pre-datan al siglo 20), y desde entonces muchos hitos importantes han sido logrados, desde el famoso «Game of Life» (juego de la vida) de los 1960s, hasta el video-juego Los Sims.

Sin embargo, hasta el momento todos los modelos de vida artificial tenían algún grado de pre-programabilidad inducida en ellos, o al menos algún objetivo a seguir, lo que hacía fácil crear algoritmos evolutivos que probaran millones de posibilidades hasta dar con la solución que resolvía el objetivo del entorno virtual en donde residían tales criaturas.

Eso es hasta hoy, en donde un equipo Alemán acaba de crear las primeras criaturas de Vida Artificial totalmente autónomas.

Estas criaturas lo único que conocen es el hecho de que tienen un cuerpo y que lo pueden mover, pero incluso ni se les ha programado a caminar o saltar, y sin embargo, al cabo de media hora ya muchas de estas criaturas descubren totalmente por su cuenta el arte del traslado en dos o cuatro piernas.

Mas asombroso aun, es que cuando a estas criaturas se acercan las unas a las otras, inician un intercambio totalmente inesperado, inclusivo en algunos casos hasta entran en una especie de pelea.

Algo interesante es que el «cerebro» de estas criaturas es un modelo simplificado en software del cerebro humano de lo llamado «red neuronal» en esta rama, y hay que entender que a tales cerebros no se les programa nada. Todo lo que estos seres hacen (como verín en el video) es algo que aprenden por sí solos, sin ningún científico o programador haberles dicho que caminen, o tan siquiera darles una razón para caminar.

Como dicen en el video que verían, estas nuevas formas de Vida Artificial funcionan como un bebé, el cual no sabe caminar pero empieza probando tipos de movimientos que se sienten natural a su cuerpo, eventualmente «entendiendo» que puede caminar.

Por ahora estas criaturas olvidan rápidamente lo que aprendieron, pero en la nueva generación del software los ciení­ficos ya están diseñando el concepto de «memoria a largo plazo», para que estas criaturas puedan recordarse de experiencias pasadas si tener que volver a aprenderlas.

Opinión: Estamos justo al borde de crear las primeras mentes artificiales, y esto es prueba de eso. Noten que aunque en este contexto lo que estas criaturas descubren es a moverse, que bajo un contexto y ambiente mas complicado (digamos, comida artificial para sobrevivir, materia prima que pueda ser utilizada para crear herramientas, etc) que seí­a posible que estas criaturas evolucionen hasta aprender a aprender (valga la redundancia), y a explorar su universo de una manera muy similar a como nuestros ancestros lo hicieron hace decena de miles de años acá en la Tierra.

Esto tambión ayuda a responder incógnitas milenarias como «¿qué es la vida?». Como podemos apreciar con estas criaturas, la vida no es necesariamente algo «biológico», sino que trasciende la naturaleza obvia que experimentamos, llegando a un plano puramente computacional.

Es decir, aun nosotros no pensemos de nosotros mismos como máquinas (debido al estereotipo que tenemos de que una máquina es algo «sin alma», «mecánico», «tonto»), lo cierto es que lo somos, y eso lo sabemos desde el primer día que descubrimos el mecanismo de ADN dentro de todos nosotros.

La única diferencia entre esas máquinas y nosotros, es que nosotros tenemos (por ahora) una ventaja evolutiva de millones de años que nos ha facilitado adaptarnos a nuestro ambiente actual. Sin embargo, a diferencia de nosotros, estas máquinas que por ahora pueden ser calificadas como tontas, tienen la gran ventaja de que no tienen cerebros estáticos como los nuestros, y que su paso evolutivo depende de los componentes electrónicos que creamos, que ya sabemos desde la día cada de los 1960 que duplica su poder cada 1 a 2 años (a diferencia de los humanos que hemos cambiado muy poco en los últimos 10000 años).

Fuente: Eliax

Simulación Cuántica en camino. El Matrix no está lejos…

Aun con todo el inmenso poder de las computadoras de hoy día, hay al menos un tipo de problemas que ni todas las computadoras del mundo combinadas en una sola puede atacar, y ese es el problema de simular efectos cuánticos. Pero eso está empezando a cambiar…

El problema es que efectos cuánticos (es decir, los efectos de la física que ocurren en las escalas mas inimaginablemente pequeñas, como lo que ocurre entre y dentro de los átomos) tienen la extraña propiedad de que pueden existir en mas de un estado simultáneamente.

Es decir, es como si tuviéramos un bombilla, la cual estuviera encendida y apagada al mismo tiempo, algo que suena ridículo pero que aunque contra-intuitivo, es la manera en que funciona la naturaleza a pequeñas escalas, es decir, un mismo electrón puede estar en dos estados a la misma vez, en dos lugares a la misma vez, en dos estados magnéticos a la misma vez, etc. Y cuando digo dos estados, no solo me refiero a dos, sino que a hasta una infinidad de estos estados simultáneos.

Muchos dirán que esto es solo teoría, pero lo cierto es que esto ha sido comprobado en miles de experimentos durante décadas. Inclusive, la razón por la cual nuestros televisores, celulares, y cientos de otros aparatos domésticos funcionan es precisamente debido a esta singularidad de la naturaleza. Es el famoso «Principio de Superposición», que dice que una misma cosa puede estar en una infinidad de estados simultáneos, hasta que uno interactúe con su información.

Pues sucede, que simular estos estados cuánticos es un gran problema para las computadoras «clásicas» que utilizamos hoy día, ya que estas se basan en una arquitectura binaria, es decir, de 2, en donde cada pedazo (o «bit», que es lo que significa «pedazo» en Inglés) solo puede estar en 1 de 2 posibles estados, en el estado 0 (cero) o el estado 1 (uno), pero nunca ambos a la vez.

En contraste, una computadora cuántica utiliza Qbits, en donde cada Qbit puede estar en «0», o en «1», o «en 0 y 1″.

Eso significa que si una computadora clásica (de «bits») quisiera simular tan solo 2 átomos que tuvieran tan solo 2 estados (digamos 0 y 1), que tal computadora necesitaría darle seguimiento a 4 posibles combinaciones entre esos dos bits, que son 00, 01, 10 y 11. Si tuviéramos 3 átomos, hablamos de 8 combinaciones (000, 001, 010, 011, 100, 101, 110, 111), y si hablamos de tan solo 4 átomos entonces requeriríamos de 16 combinaciones.

Para que tengan una idea, el tan solo almacenar los posibles estados de 24 átomos, que en una computadora clásica requeriría de tan solo 24 bits (o 3 Bytes), en una computadora cuántica se necesitarían 16,777,216 bits, o unos 2 GigaBytes. Es decir, que para que una computadora clásica pueda simular a una cuántica, se necesita almacenar información exponencialmente, o en este caso mas precisamente se necesitan 2N bits para almacenar los estados de N Qbits. Es por eso que en el ejemplo anterior si queremos almacenar los estados de 24 bits, necesitamos de 224 bits, que son 16,777,216 bits.

Y debido a esta exponencialidad, es impráctico poder simular cualquier sistema cuántico de un tamaño útil para obtener resultados, ya que por ejemplo para simular un sistema cuántico con tan solo 256 Qbits, se necesitarían mas bits que la cantidad de fotones visibles en todo el Universo conocido (un número que no cabrían en varias páginas aquí).

Y es aquí en donde llegamos al tema de hoy, Simulación Cuántica.

Sucede que desde el 2002 ya se dieron los primeros pasos para simular efectos cuánticos (y efectos clásicos) con una computadora cuántica. La gran ventaja de esto es que a diferencia de una computadora clásica, una cuántica puede estar en «todos los estados posibles» a la vez, por lo que para simular un sistema de 256 Qbits solo se necesitan 256 Qbits (valga la redundancia).

Hoy día ya se están creando las primeras simulaciones casi prácticas que nos permitirán simular prácticamente cualquier cosa en el futuro, inclusive partes del Universo mismo, idéntico a la película The Matrix.

Inicialmente estos experimentos tienen un fin práctico inmediato, y es el de poder simular complejos materiales sintéticos. Hoy día por ejemplo si alguien tiene una idea de algún novedoso nuevo material, su única opción para «simularlo» es construyendo de alguna manera uno real (un proceso complejo, lento y caro), y después midiendo sus propiedades con todo tipo de herramientas.

Sin embargo, con un simulador cuántico, es posible crear una simulación del objeto en el mundo cuántico, y poder interactuar con el material como si existiera de verdad, lo que aceleraría la creación de nuevos y asombrosos materiales desde una tarea laboriosa que toma años o décadas, a una que tome días o quizás segundos.

Este a propósito es un excelente ejemplo de como todo, incluyendo en este caso la tecnología, avanza no de manera gradual (o lineal), sino que exponencial, pues este tipo de herramientas aceleran tanto la industria, que los nuevos adelantos en sí mismo nos permiten acelerar otras tantas mas de manera exponencial también (como en este caso, la industrias de construcción civil, de arquitectura, la textil, y hasta la de viajes espaciales).

Es esta una razón por la cual tardamos miles de años en crear computadoras, pero tan solo tardamos unas décadas en crear el Internet, unos años en crear celulares, y ya hoy día es casi cada unos cuantos meses que sale algo nuevo y novedoso, y este paso solo continuará acelerándose, hasta que lleguemos a una singularidad, pero ese ya es tema para otro artículo…

A los científicos que quieran mas información sobre esto, consulten este enlace del 2002, y a los que quieran un extracto de desarrollos recientes (y menos técnico), pueden leer este otro articulo recién publicado, el cual me inspiró a escribir este artículo de hoy.

Y como siempre, si disfrutaste de este tema, puedes aprender mucho mas de temas similares y explicados de manera que cualquiera los pueda entender, en mi libro gratuito Máquinas en el Paraíso, cuyo enlace aparece en el encabezado de eliax.

Fuente: Eliax

Simulan parte de cerebro de rata en ordenador

Si hay una empresa que dedica un gran porcentaje de sus ingresos a la investigación, esa es IBM. Hoy vuelven a sorprendernos con una simulación del cerebro de una rata.

Por supuesto, la complejidad del cerebro de un mamífero superior como es la rata implica un poder de cálculo extraordinario para poder simularlo correctamente. Pero como IBM se dedica justamente al diseño de ordenadores, uso lo que tenía a mano: un súper ordenador BlueGene/L de 4096 procesadores con 256 MB de RAM por cada micro.

Esta maquinita es capaz de representar 8 millones de neuronas con 6300 sinapsis en cada una, utilizando “solo” un terabyte de memoria del sistema. Se creó un patrón de conexiones entre las neuronas de forma que recreen las del cerebro del roedor en cuestión, y como resultado se obtuvo un cerebro cibernético, funcionando a una décima de la velocidad del real. ¿Impresionante, no?

Una rata “de verdad” tiene 8 millones de neuronas por hemisferio cerebral, con unas 8000 sinapsis promedio en cada una, por lo que el de IBM es algo así como “medio cerebro”. Sin embargo, se ha logrado simular correctamente el funcionamiento del cortex, lo que es un avance extraordinario.

Si nos apegamos a la ley de Gordon Moore, que predice que cada 18 meses se duplica la velocidad de los ordenadores, es de suponer que en pocos años pasaremos de tener un cerebro artificial corriendo al 10% de su velocidad a un “supercerebro” de rata corriendo a mas del 100% de su velocidad real.

Si yo fuese un gato, estaría más que preocupado por mi futuro. Poniéndonos serios, este logro de IBM abre la puerta a una serie de posibilidades fascinantes, propias de la Ciencia Ficción. ¿Tu que crees?

Fuente: Neoteo.com

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