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Desarrollan en la Universidad de Murcia nuevo método para el descubrimiento de fármacos

Los métodos de cribado de fármacos por ordenador (CFO) simulan el proceso de acoplamiento entre una pequeña molécula (ligando) con una proteína implicada en una enfermedad (diana). Su objetivo es, tras procesar librerías que contienen millones de compuestos químicos, descubrir un ligando que interaccione con gran intensidad con la diana de tal manera que se pueda regular convenientemente su actividad y hacer desaparecer la enfermedad.

Los mayores inconvenientes de los métodos CFO son principalmente la  representación incompleta o poco realista del proceso de interacción ligando-diana y que  es necesaria la disponibilidad de recursos computacionales de muy alto rendimiento (normalmente acceso a superordenadores) para poder realizar los cálculos requeridos en un tiempo aceptable.

Investigadores del grupo de Arquitectura y Computación Paralela de la Universidad de Murcia han presentado un nuevo método CFO (BINDSURF) que corrige deficiencias presentes en métodos CFO anteriores. Los resultados han sido publicado en la revista Network Tools and Applications in Biology.

Muchos de estos tipos de métodos suponen que todos los candidatos a fármaco interaccionan siempre con la misma parte de la diana, lo cual es incorrecto, pues depende en gran medida de sus  estructuras químicas. Para ello, BINDSURF realiza un barrido completo de la superficie de la proteína para cada ligando y muestra en que zonas se producen las interacciones más intensas (bola de color azul en la figura adjunta, la cual coincide completamente con el resultado experimental y se diferencia de las bolas naranja, zonas de escasa interacción) y cual es su distribución de afinidades de unión para comprobar si estos hotspots difieren considerablemente de zonas de poca o escasa interacción

Ampliar información en: Universidad de Murcia

 

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