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Para qué quieren los chinos el mayor supercomputador del mundoPara qué quieren los chinos el mayor supercomputador del mundo

Tianhe-1A es el supercomputador más rápido del mundo y ha sido fabricado en China. Alcanza 2.5 petaflops (en unos meses llegará a 4.7 petaflops) y es un 47% más rápido que Jaguar XT5 del Oak Ridge National Laboratory, en Tennessee, EE.UU., que era el número uno mundial. Para el gobierno chino este supercomputador es un ejemplo del poder de su país y de su capacidad de innovación. Pero según la revista Science, ¿para qué quieren los científicos chinos un supercomputador tan poderoso? Tianhe ha sido desarrollado por el ministerio de defensa chino (por la Comisión Militar Central de la Universidad Nacional en Tecnología de Defensa, en Changsha) y se encuentra en el Centro Nacional de Supercomputación en Tianjin, una instalación militar clasificada. El director del centro, Liu Guangming, afirma que este supercomputador servirá para aplicaciones civiles, como la predicción del tiempo, animación y modelado de reservas de petróleo. Xu Rongsheng, experto chino en supercomputación, ha confesado a Science que el gran problema en China es el software, no el hardware. Pocos investigadores chinos utilizan (o saben utilizar) los supercomputadores, por lo que las grandes máquinas chinas están siendo infrautilizadas. Nos lo cuentan Richard Stone, Hao Xin, “China: Supercomputer Leaves Competition—And Users—in the Dust,” News of the Week, Science 330: 746-747, October 5, 2010.

Para los curiosos en los detalles numéricos, Tianhe-1A está formado por 14336 procesadores Intel Xeon y 7168 tarjetas gráficas Nvidia Fermi, distribuidas en 120 torres cada una del tamaño de un frigorífico. El genial Jack Dongarra, experto en supercomputación de la Universidad de Tennessee, Knoxville, EE.UU., afirma que “Tianhe-1A es una mejora muy sustancial de Tianhe-1, un supercomputador que llegó a ocupar el puesto siete en el Top 500 de supercomputadores.” Jack afirma que el próximo 15 de noviembre, cuando se publique el nuevo Top 500, Tianhe-1A ocupará el primer puesto.

Zhang Yunquan, experto chino en supercomputadores, afirma que solo el 1% de las aplicaciones (software) que se usaron en Dawning 5000A, el supercomputador chino más poderoso antes de Tianhe-1, en el Centro de Supercomputación de Shanghai, repito, solo el 1% usó más de 160 núcleos  (Dawning 5000A tenía 30720 núcleos). Solo como dato para comparar lo que esto significa, el 18% de las aplicaciones (software) que se ejecutan en el Jaguar XT5 utilizan entre 45000 y 90000 núcleos (la máquina cuenta con 150162 núcleos). Para Zhang Yunquan es como  tener un fórmula uno para ir de compras al supermercado.

Fuente: Francis (th)E mule Science’s News

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Enlaces relcionados;

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Computación científica de alto rendimiento en Alemania

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Simulan por primera vez a alta resolución cómo se despliega el ADN

Este es un proceso clave para entender la actividad de los genes y la replicación del ADN y, en un futuro, diseñar fármacos para modularlas.

La separación de las dos hebras del ADN es un proceso que ocurre en millonésimas de segundo, lo que dificulta enormemente su estudio experimental, haciendo necesaria la simulación computacional. Tras cuatro años de puesta a punto de un modelo físico efectivo y el uso masivo del supercomputador Mare Nostrum, investigadores del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona) y el Centro de Supercomputación de Barcelona (BSC) han logrado realizar la primera simulación realista de la apertura del ADN a alta resolución. Los investigadores Modesto Orozco, jefe del grupo de Modelización y bioinformática del IRB Barcelona, Catedrático de Bioquímica de la UB y director del Departamento de Ciencias de la Vida del BSC, y Alberto Pérez, investigador Juan de la Cierva en el BSC, actualmente en la Universidad de California San Francisco (Estados Unidos), publican los resultados en la revista líder mundial en química, Angewandte Chemie.

Alberto Pérez explica que “gran parte de las funciones del ADN se dan al separarse sus dos cadenas cuando, por ejemplo, se tiene que replicar durante la división celular o en procesos de reparación. Con este estudio proponemos un mecanismo para este proceso, que a su vez, guiará a nuevos experimentos para su corroboración final”.

Los investigadores han estudiado un fragmento pequeño de ADN, de 12 pares de bases (el genoma humano tiene unos 3000 millones de pares de bases), y han obtenido 10 millones de fotos estructurales que muestran la película de cómo se despliega. En este proceso han revelado dos rutas principales que llevan del estado de su estructura natural plegada a la forma desplegada. “Este proyecto”, explica Orozco, “es parte de un objetivo mayor del laboratorio: intentar comprender los cambios que sufre la estructura del ADN según los procesos biológicos que ocurren dentro de la célula, como la expresión y represión de genes o la replicación o transcripción del ADN”.

El ADN contiene la información genética de los seres vivos y su estructura de doble hélice fue descubierta hace ya más de 50 años por Watson y Crick. El ADN y las proteínas que lo modifican son las dianas terapéuticas más importantes en diversas patologías y de manera especial en cáncer. El trabajo del IRB Barcelona proporciona una visión detallada del mecanismo por el cual tiene lugar uno de los procesos más importante en el ADN y abre nuevas expectativas sobre la conexión entre propiedades físicas, funcionalidad y efecto farmacológico. El objetivo último es que la suma de nuevos avances conviertan al ADN en una diana farmacológica universal.


Artículo de referencia: Real-time Atomistic Description of DNA Unfolding. Alberto Pérez and Modesto Orozco.
Angewandte Chemie (2010). doi: 10.1002/ange.201000593
Angewandte Chemie – International Edition (2010) doi: 10.1002/anie.201000593

Fecha Original: 20 de mayo de 2010
Enlace Original

Fuente:  Ciencia Kanija

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Enlaces relcioandos:

–  Se pone en marcha la Red Española de Supercomputación al servicio de la investigación

–  La aplicación informática LIMS pone orden en la ciencia forense

–  Apuntes Introduccion a la Informática (GAP).  La Información

–  La web de Maco048. Noticias: ADN


IBM prepara un nuevo superordenador de 20 petaflops

El Gigante Azul está desarrollando la tecnología para su nuevo ordenador Sequoia, que piensa entregar en 2011 al Departamento de Energía de Estados Unidos para su uso en el Laboratorio Nacional Lawrence Livermore.

Sequoia tendrá un rendimiento de 20 petaflops, mucho más que su predecesor. Esa máquina anterior, que se entregó en junio al Departamento de Energía, rompió la barrera de 1 petaflops.

«Peta» es un término para mil billones, y FLOPS son las siglas de las operaciones en punto flotante por segundo, es decir las tareas que puede realizar en un segundo.

Sequoia, y un ordenador más sencillo llamado Daen, están fabricándose en Rochester, Minnesota, para su uso en simulaciones nucleares. IBM apuntó que también pueden utilizarse para tareas complejas como predicciones meteorológicas o explotaciones de petróleo.

IBM añadió que el nuevo superordenador hará un uso eficiente de la energía para el trabajo que hace, pero aún así ocupará 96 estanterías del tamaño de una nevera en una zona del tamaño de una casa grande (unos 318 metros cuadrados).

Fuente: ElPais.com

IBM construye superordenador con 32000 procesadores

El gigante IBM se encuentra abocado al desarrollo de un superordenador basado en Linux y operado con 32.000 procesadores. El prodigio tecnológico se convertirá en el sistema de hardware más rápido del mundo.

(DT, Diarioti.com) La semana pasada, IBM presentó un proyecto orientado a construir un nuevo superordenador para la entidad estadounidense National Nuclear Security Administration (NNSA), dependiente de la Secretaría de Energía. Se tratará del primer sistema en usar los procesadores Cell Broadband Engine (Cell B.E).

Las intenciones de la compañía son construir un sistema que podrá suministrar una capacidad de cálculo de un petaflop; es decir, mil trillones de cálculos por segundo. En su etapa final de desarrollo, el sistema alcanzará los 1,6 petaflops.

El superordenador será empleado para simular armas atómicas y será instalado en Los Alamos National Laboratory, base militar en el desierto donde fue desarrollada la primera bomba atómica de la humanidad.

El sistema estará basado en 16.000 procesadores Cell y 16.000 procesadores AMD Opteron Server. El sistema operativo será Linux y físicamente el hardware ocupará el espacio equivalente a tres canchas de basquetbol cuando esté terminado en 2008, escribe IBM.

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